Наукові публікації університету

Structure and Binding Energy of Double-Stranded A-DNA Mini-helices: Quantum-Chemical Study

A-DNA is thought to play a significant biological role in gene expression due to its specific conformation and binding features. In this study, double-stranded mini-helices (dA:dT)3 and (dG:dC)3 in A-like DNA conformation were investigated. M06-2X/6-31G(d,p) method has been utilized to identify the optimal geometries and predict physicochemical parameters of these systems. The results show the ability of the corresponding mini-helices to preserve their A-like conformation under the influences of solvent, charge, and Na(+) counterions. Presented structural and energetic data offer evidence that two steps of GG/CC or AA/TT are already enough to turn the DNA helix to generate different forms by favoring specific values of roll and slide at a local level. Our calculations support the experimentally known fact that AA/TT steps prefer the B-form over the A-ones, whereas GG/CC steps may be found in either the B- or A-form. The stability of mini-helices at the level of total energy analysis, ΔEtotal((A–B)), is discussed.

ID: 161962
Кількість показів: 130
дата змінення: 15.09.2016 18:34:49
Ким змінено (ім'я): (ivt3) Іван Войтешенко
Вид роботи:  Наукова публікація
Тип роботи:  Наукова стаття
Кількість сторінок:  9
Рік видання:  2015
Звітний рік:  2016
Видання:  Journal of physical chemistry B
Том:  119
Випуск, частина:  40
Номери сторінок:  12741–12749
Галузь науки:  Міждисциплінарні науки
Автори,співробітники Університету:   /  / Корольова Олександра Сергіївна /  / Говорун Дмитро Миколайович / Нипорко Олексій Юрійович / 
Кількість недоданих авторів:  0
Кафедра / Відділ:  Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біоінформатики / Кафедра нанофізики конденсованих середовищ / НДЛ Хіміко-біологічні методи дослідження матеріалів
№ теми: 
Посилання на статтю (посилання на рецензію в журналі (для монографій):  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26356008
Ключові слова:  квантово-механічне моделювання, енергія зв'язування, форми ДНК
Опубліковано за рішенням Вченої ради:  ні
Інститут/Факультет:  Інститут високих технологій

Повернення до списку

Вгору