Наукові публікації університету

SPR Detection and Discrimination of the Oligonucleotides Related to the Normal and the Hybrid bcr-abl Genes by Two Stringency Control Strategies

In this study, we applied two stringency control strategies for surface plasmon resonance (SPR) detection of DNA hybridization and discrimination of completely and partially complementary 24-mer sequences. These sequences are specific to the human normal bcr and the hybrid bcr-abl genes, protein products of which are responsible for some leukemia. SPR sensors based on resonance phenomena in nanoscale gold films are well suited for label-free, real-time investigations of the macromolecule interactions. Thermodynamic parameters obtained using the web server DINAMelt allowed supposing the possibility for realization (a) stringency control based on the ionic strength of the hybridization buffer and (b) stringency control based on the temperature elevation. The first one resulted in that the discrimination index of completely complementary and partially complementary oligonucleotides depending on the target concentration varied from 1.3 to 1.8 in 2 × SSC and from 2.0 to 2.9 in 0.5 × SSC. For implementation of the second stringency control strategy, SPR spectrometer measuring flow cell with built-in high-precision temperature control and regulation as well as corresponding software was created. It is shown that the duplexes formed by the immobilized probes mod-Ph and completely complementary oligonucleotides P1 remained without significant changes until ~50 °C, while the duplexes formed with partially complementary oligonucleotide Bcrex14 almost entirely disrupted at 40 °C. Thus, the absolutely effective thermodiscrimination of this pair of oligonucleotides was achieved in this temperature range (40-50 °C).

ID: 167859
Кількість показів: 75
дата змінення: 15.09.2016 20:26:11
Ким змінено (ім'я): (ivt3) Іван Войтешенко
Вид роботи:  Наукова публікація
Тип роботи:  Наукова стаття
Кількість сторінок:  1
Рік видання:  2016
Звітний рік:  2016
Видання:  Nanoscale Research Letters
Випуск, частина:  11
Номери сторінок:  1
Друкованих аркушів (для монографій):  1
Галузь науки:  Міждисциплінарні науки
Автори,співробітники Університету:   /  / Солдаткін Олексій Петрович
Кількість недоданих авторів:  1
Кафедра / Відділ:  Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біоінформатики / НДЛ Хіміко-біологічні методи дослідження матеріалів
№ теми: 
Посилання на статтю (посилання на рецензію в журналі (для монографій):  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26759355
Ключові слова:  Hybridization biosensor; Ionic strength; SPR; Stringency control; Thermodiscrimination
Опубліковано за рішенням Вченої ради:  ні
Інститут/Факультет:  Інститут високих технологій

Повернення до списку

Вгору