Наукові публікації університету

The 8-oxo-dGTP interaction with human DNA polymerase β: two patterns of ligand behavior

The behavior of 8-oxo-dGTP molecule in the area of the active site of human DNA polymerase β was investigated using molecular dynamics (MD) calculation. The principle phenomenon revealed as investigation results is existence of two cardinally different models of behavior inherent in 8-oxo-dGTP molecule. In the several cases, 8-oxo-dGTP stably stays in DNA polymerase active site, “keeps in touch” with template nucleotide and maintains the hydrogen bonds with it (stable behavior). In other cases, the ligand molecules lose the connections with template dA and start to migrate inside of enzyme space (migrate behavior). The 8-oxo-dGTP in cases of migrate behavior is still in DNA polymerase space at least over 100 ns and prevents transit of DNA polymerase from closed to open conformation as well as the further binding of incoming dNTP. This observation lets a possibility to consider it as natural inhibitor/regulator of DNA pol β activity.

ID: 180240
Кількість показів: 93
дата змінення: 10.11.2016 20:36:09
Ким змінено (ім'я): (ivt3) Іван Войтешенко
Вид роботи:  Наукова публікація
Тип роботи:  Наукова стаття
Кількість сторінок:  9
Рік видання:  2016
Звітний рік:  2016
Видання:  Structural Chemistry
Том:  115
Випуск, частина:  27
Номери сторінок:  175-183
Галузь науки:  Молекулярна біологія
Автори,співробітники Університету:  Нипорко Олексій Юрійович
Кількість недоданих авторів:  0
Кафедра / Відділ:  Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біоінформатики / НДЛ Хіміко-біологічні методи дослідження матеріалів
№ теми: 
Посилання на статтю (посилання на рецензію в журналі (для монографій):  http://link.springer.com/article/10.1007/s11224-015-0691-8
Ключові слова:  8-Oxo-dGTPDNA polymerase βMolecular dynamicsStructural analysisPatterns of behaviorDelayed dissociation
Опубліковано за рішенням Вченої ради:  ні
Інститут/Факультет:  Інститут високих технологій

Повернення до списку

Вгору